近年来，市委、市政府高度重视农业科技工作，围绕省级新农村实验示范区建设，大力实施科技兴农战略，扎实推进体制创新、平台建设、人才培养和科技应用等重点工作，有力地推动了农业科技创新与进步，促进了农业转型升级和现代农业发展，实现了农业增效和农业民增收。2011年全市农林牧副渔总产值198.36亿元，比上年增长12.5%；农村居民人均纯收入15381元，农业主导品种覆盖率和主要产业适用技术覆盖率分别达95%、90%以上，科技进步对农业发展的贡献率保持在58%以上；新农村建设和现代农业发展走在全省前列。
但在积极推进市校合作、构建大平台的同时，我市自身的农业科技力量与农业发展现状远不相匹配，科技创新能力薄弱、支撑力不强；农业科技投入与“全国科技进步先进市”称号不相适应；农业科技体制机制缺乏活力。在科研体制机制上主要存在以下不足：
一是农业科技总体投入不足。近年来，政府在“三农”方面投入资金巨大，但农业科技事业投入资金相对较少。如2011年我市财政科技经费为7145万元，用于科技项目的经费是2100万元，其中农业科技项目经费仅为750万元。而农业科研投入占农业GDP的比例国际平均水平是1%（以我市2011年水平将达1.98亿元），我市更是远远无法企及。农业科研经费严重不足，导致科研仪器陈旧、基础设施落后以及科研手段严重滞后等问题，且农业科研经费主要用于保持科研队伍稳定，难以集中经费出大成果。如2011年湖州市科学技术进步奖共设奖43项（一等奖3项，二等奖10项，三等奖30项），其中涉农的奖项仅二等奖两项（桑蚕一项，水产一项），三等奖三项（林业一项，水产两项），突破性农业科技成果数量明显偏少。
二是科研机构“小、散、低”，管理体制不顺。从规模上看，目前我市各农业科研机构科研人员最大的只有几十人，最小的仅十人，科研力量薄弱，难以在国家启动实施“现代农业科研院所建设行动”中得到支持；从管理上看，除浙江省淡水水产研究所为省属单位外，几家农业科研单位分属市级不同部门管理。湖州市农业科学研究院属市农业局管理；湖州市林业科学研究所属市林业局管理；中科院湖州现代农业生物技术产业创新中心属市开发区管理；从发展上看，由于存在小而散的格局，缺乏统一规划协调发展，无法形成有效合力，有限的科研资源浪费较大，科研整体效率较低，不利于构建支撑湖州现代农业发展的科学研究体系，与国家级现代农业示范区创建不相匹配，已不能适应现代化新型农业发展的需要。省内除湖州、绍兴、丽水外，其他8个地市的农科院已完成体制改革，直属市政府管理。因此，亟需理顺科研管理体制关系，使市农科院更好地发挥科研龙头作用。
三是科研创新力量薄弱。我市农业科研领军人才缺乏，科研团队整体实力较弱，难以承担大项目、取得大成果；科研学科设置不全，还缺少畜牧、园艺、农业生态等方面的专业研究；科研立项滞后于生产实际，科研成果转化率不高。基层农业公共服务人员年龄老化、文化偏低、在编不在岗、在岗不在位的现象还普遍存在。
四是科技创新动力不足。农业科技立项机制不合理，竞争性项目投入比例偏大，立项项目周期较短，导致研究方向随每年研究课题的改变而改变，难以对长期发展做出战略性规划，科研人员忙于申报项目和项目验收，从事科研的时间和效益明显下降。农业事业单位机制不活，实行绩效工资后，缺乏强有力的激励政策，不能有效调动农业科技人员的积极性、创造性，同时实行岗位设置后，科研人员相对较多，高级职称职位数相对偏少（特别是正高），成为制约科技人员业务进步的重要因素。
2012年中央一号文件，突出加快农业科技的定位、定性与定向，强调农业科技的公益性、基础性、社会性的性质，对农业科技创新重点、体制机制创新的内容、如何改善创新条件等方面都作出明确部署，这对深化我市农业科研体系创新具有极强的针对性和指导性。对照我市农业科技发展现状，我们应以一号文件精神为指导，以创建国家现代农业示范区和全省唯一具体承担“完善农业科研和技术推广体制创新”专项性改革试验的地级市为契机，深入贯彻落实科学发展观，积极实施科技兴农战略，着力强化院所建设、科技创新、成果转化应用、人才培养关键环节，健全完善农业科技研究体系，朝着基本建成体系完备、层次分明、结构优化、设施先进、队伍精干的农业科技创新体系的目标迈进，具体建议：
1、建立农业科技投入稳定增长长效机制。根据2012年中央一号文件精神提出的“持续加大农业科技投入，确保增量和比例均有提高。发挥政府在农业科技投入中的主导作用，保证财政农业科技投入增幅明显高于财政经常性收入增幅，逐步提高农业研发投入占农业增加值的比重，建立投入稳定增长的长效机制”的总体要求，逐步建立起以政府投入为主体的多渠道、多元化的农业科技投入体制。确定事业经费常年性增长的合适比例，调整政府的投入方式，提高固定经费拨款在总投入中的比例，为重大科研成果的产生创造良好的科研条件；二是财政科技经费要加大投入力度，确保科技三项经费的三分之一用于农业科技；调整优化科技发展资金、新农村建设资金、农业发展资金等政府专项资金投向，加大农业科技创新、农技推广重点项目的支持。在增加政府财政投入的同时，充分发挥市场和社会需求对农业科技进步的导向和推动作用，鼓励企业和社会资本投入。要确实建立对农业科研投入的长效机制。
2、加快农业科研体制创新，建设区域性地市级农业科学研究院。根据省科技发展“十二五”规划中“鼓励和支持省农科院牵头联合各市农业科研院所创建现代农业技术创新服务体系，着力办好地市农业科研院所，支持有条件的地市农业科研院所整合力量，创建区域性地市级农业科学研究院，由市政府直属管理，增强区域性地市级农业科学研究院所综合创新实力和服务能力”的思路部署，结合中央一号文件关于“加强地市级涉农科研机构建设”的精神，做大做强湖州农业科研机构。建议我市组建大农业格局的综合性市级农业科学研究院，由市政府直属管理。对市农科院、省淡水所、市林科所、中科院农业科创中心等本市涉农科研资源力量进行融合与共建。设置农作所、园艺所、畜牧所、蚕桑所、林业所（与林科所合作共建）、水产所（与省淡水所合作共建）、生态所（与中科院合作共建）等学科。增强农业科研的综合创新实力和服务能力。
3、有效整合资源，做大做强农业科技创新平台。科技创新平台是区域科技创新体系和科技基础设施建设的重要内容。加快科技创新平台建设，可以有效提升科技研发水平，有利促进各类创新资源的开放和共享，从而进一步提高科技创新资源的使用效率。我市要以创建国家现代农业示范市为契机，巩固发展市校合作成果，建设一批设施齐全、功能先进、服务有效的科技创新公共服务平台。一是抓好现有农业科技创新平台的建设，充分发挥其技术创新、试验示范、辐射带动作用。二是立足产业发展，加强规划引导、整合科技资源，以多种形式开展更宽领域的农业科技创新平台建设。如，创建生态技术平台。三是积极推进开放合作，引进大院大所共建创新平台。四是以创建国家级现代农业示范市为契机，鼓励支持科研单位积极争取国家级重点项目落户湖州。
4、着力打造农业科技创新队伍。重视农业高层次人才培养，建立完善高层次人才培养、引进、使用与激励机制，探索制订科研事业单位人才激励政策。根据“按照科研事业分类改革要求，深化农业科研院所改革，健全现代院所制度，扩大院所自主权，鼓励科研院所制订灵活的激励政策，努力营造科研人员潜心研究的政策环境”这一精神，一是建议省、市政府科技管理部门出台更加灵活的可充分调动科技人员积极性的激励政策，主要在科技原始创新、引进集成创新、成果产业化应用等方面给予大力支持；二是根据事业单位实行岗位设置的现状，在可控范围内，适当增加农业科研人员相对集中单位的正高级职称比率，从而使农业科技人员在职称晋升上具有向上拓展的上升通道，鼓励其专心开展科研工作；三是省、市各类人才计划优惠政策应向科技人员相对集中的科研单位倾斜。建立农业科技人才专项资金，支持鼓励人才引进（柔性人才引进），重视发挥农业科研机构在引进人才上的“蓄水池”作用，发挥农业科研机构通过重大农业科研项目、重点学科和重点科研基地发现人才、培养人才的重要作用。在“南太湖精英计划”基础上，另设“南太湖农业科技精英人才计划”，大力推进农业科技领域引才工程，加快农业科研高层次人才的引进。
5、建立完善农业科技运行管理机制。深化农业科技管理体制改革，遵循农业科技发展规律，完善科研立项、评价、协同机制，提高科技管理与资源利用效率。一是完善农业科研立项机制，实行定向委托和自主选题相结合、稳定长效支持和适度竞争相结合；二是完善农业科研评价机制，坚持分类评价，注重解决实际问题，改变重论文轻发明、重数量轻质量、重成果轻应用的状况；三是建立健全协同创新机制。打破部门、区域、单位和学科界限，有效整合全市农业科研、教育、推广、科技企业等科技资源，推动产学研、农科教紧密结合，提高公共资源利用效率，着力解决科技创新和农业生产脱节问题；四是建立完善激励机制，营造以贡献获取报酬和荣誉的政策环境，充分调动广大农业科技人员的积极性和创造性。